不过这两个骑兵旅和十八个步兵旅因为组建时间仓促，原破虏军之中的将领和士兵数量不多，这也就让刘基对这两个骑兵旅和十八个步兵旅的控制力，相对来说要低一些。
为了提高对新编各个骑兵旅和步兵旅的掌控，刘基让近卫军团和本土军团原有的部队，与新组建的这些骑兵旅和步兵旅，展开了大规模的人员互换，同时把涪州境内收编的官兵，也分散到了近卫军团和本土军团的各个旅，期间刘基又新组建了几个骑兵旅和步兵旅的编制。
经过了一番重新的调整，本土军团的编制由五个骑兵旅和十五个步兵旅，变成了十个骑兵旅和三十五个步兵旅。
近卫军团之中五个骑兵旅的编制没有变，原来的十五个步兵旅增加为了二十个步兵旅。
刘基之所以把本土军团的编制，增加的那么多，也是因为如今本土军团需要守卫的地盘一下子从黔州，扩大到了黔州、邳州、秦州、襄州和涪州，本土军团以后需要面对的敌人，又多了十万大山里面的东蛮各族。
刘基对于秦州、襄州和涪州原来各级官府的官员，只要不是民怨太大的，又愿意投靠北方大都督府的，刘基都把他们留用了，不过这些官员基本上不可能再待在原来的地方为官。
刘基为了能彻底控制秦州、襄州和涪州的各级官府，把这三州的官员，与破虏军原来地盘上的官员，做了一番相当大的调动，很多秦州、襄州和涪州的官员，都被刘基调派到了北庭都护府和西域都护府。