维新政府建立后的某一天，在一个小村庄里剑心遇见了一位美丽的少女神谷薰。交谈中得知有个叫此留间五兵卫的人冒充拔刀斋在村里作恶，阿薰手拿竹刀与之拼命但不是对手，五兵卫手起刀落，眼看阿薰性命难保，千钧一发之际，一个人影风驰电掣般闪过，五兵卫劈了个空，而阿薰已在一位英俊的红发少年怀中。阿薰见救自己的竟然是一位拿逆刃刀的少年武士，而且还说自己就是杀人无数的刽子手拔刀斋，她很想知道剑心为什么不再杀人，她也很想了解剑心的过去，她希望剑心结束流浪生活在道场安家，用剑去实现保护受苦受难的人的愿望。阿薰把自己的身世告诉了剑心，她父亲是神谷活心流传人，一直遵循以剑活人，以剑救世……