这时郑总兵马兴龙往来铜山、南澳等处，继续顽抗。总督姚启圣密遣总兵朱光祖招抚逃往铜山的郑将朱天贵，朱天贵乘诸镇将集议军机时，设计擒获马兴龙父子及其弟五人，将他们沉死海中。康熙十九年(1680)五月，朱天贵率领诸镇将及二万官兵和船三百余艘，向清投降。之后，郑军全部撤至台湾。
施琅征合
郑经再次退守台湾后，这时的他已丧失了昔日的雄风，生活越来越腐化。他于洲仔尾择地筑造园亭，将爱妾移居于内，纵情花酒，且日与文士武将骑射酣乐，任长子郑克臧秉政。
克臧是郑经嬖妾所生，刚断果决，很有其祖郑成功的遗风。他既承父命，代理政事之后，上至国太、诸叔和郑经的亲信权幸，下至镇将兵民，一律绳以礼法，不肯阿容徇纵。郑经担心他处事不稳妥，背地里叫人将郑克臧平日所处理的启章政事等文件拿来详加审阅，觉得一件件、一桩桩条晰明确，处理妥当。郑经很是喜欢，于是对郑克臧更加信赖，索性把所有政事通通交给郑克臧决断，自己竟日夜花天酒地。然而，郑克臧的刚断果决作风，却遭到郑经的亲属、亲信与权幸们的妒恨。