正因为重“绝学”，所以，对儒者醉心科举、空读误国、欺世盗名，也进行了有力清算。他公开提出了废除科举的主张：
举业盛而圣学亡，举业之士亦知其非圣学也，第以仕宦之途寄迹焉尔！而世之庸妄者，遂执其成说，以裁量古今之学术。有一语不与之相合者，愕昭而视曰：“此离经也，此背训也。”于是六经之传注，历代之治乱，人物之减否，莫不各有一定之说。此一定之说者，皆肤论替言，未尝深求其故，取证于心。（《南雷文案·浑仲升文集序》）
综上所述，黄宗羲的史观里，已包含有不少近代启蒙思想，在重“绝学”上，更有一定的唯物主义因素了。而他在治史时，更鲜明地提出了“一本万殊”的“离经叛道”思想，他认为要发挥其主体精神，就要有创见：
学问之道，以各人自用得著者为真，凡依门傍户，依样葫芦者，非流俗之士，则经生之业也。此编所列，有一偏之见，有相反之论，学者于其不同处，正宜著眼理会，所谓一本而万殊也，以水济水， 岂是学问？（（明儒学案·凡例））