隆庆五年（公元1571年），高拱起用原苏州知府蔡国熙为苏松兵备副使，因为蔡国熙与徐阶有矛盾，徐阶的三个儿子都被整治，以前侵占的土地也都还给了农民。一个退休的人，没有权力，哪里斗得过炙手可热的高拱，无奈之下，只能向高拱低头，在困境中上疏，言词充满了哀求之情。高拱见徐阶写好了检讨，之前被赶出朝廷的一箭之仇，总算是报了，再追杀下去，把徐家给整垮，实在是没有必要，别人会说高拱残忍，赶尽杀绝；更关键的是，以后自己会不会在政治斗争中失败呢？谁都不敢保证。假如真有那么一天，胜利者也来个赶尽杀绝，后果不堪设想。于是高拱大度起来，修书一封送给徐阶，愿意不计前嫌，重归于好。同时又给地方官员写信：徐大人是老同志了，他的家人要好好关照关照，惩罚嘛，意思意思就可以了，不要过重。这一难过去后，徐阶后来活到了万历年间，明神宗曾经派使者慰问，送给他玺书、金币。
高拱重返中央做上了领导，当然要推行自己的改革意见。他每天上午到内阁上班，下午又要去吏部上班，一天跑两个办公室，的确是日理万机。组织部的权力掌握在他的手里，他强调因事设岗，不能因人设岗，要根据官员的能力、业绩决定其是否升迁，不要使用昏庸、滥竽充数的，所以部分冗官被裁员，丢掉了饭碗。兵部的领导层当时是一正两副，即一位尚书，加上两名侍郎，从明朝建立以来都是如此。高拱说不对，应该再增加两名副职，达到一正四副，为什么呢？因为国家的战事比以前多了，忙的时候，根本就管不过来，造成许多事情积压，得不到解决。而且侍郎必须常常出差，了解边关的地形、兵马的部署、将领的能力等，哪天要是尚书调走了、去世了，侍郎就可以顶上来；平时地方上的总督有空缺，找不到合适的人员，也可以让侍郎暂时接手。他还提出：选拔土生土长的边塞人入兵部工作，因为他们熟悉当地的风土人情、语言习惯，更有利于开展日常工作。