原来，此时的鲍尔萨科夫已经在叶利钦身边担任了国家副总理。就这样，普京应鲍尔萨科夫的邀请，来到了首都莫斯科，并担任了总统事务局的副局长，专管法律处和俄罗斯境外财产以及政府外贸的相关事项。
1997年3月份，普京又被任命为总统办公厅副主任兼监察局局长一职。这个总统办公厅和总务局可不是一个概念，总务局主管的是具体的物，即房子和房子有关的具体事项，而办公厅则是专门为总统服务的专职部门。
1998年5月，普京得到总统叶利钦的器重，并开始担任总统办公厅第一副主任，在这个过程中，普京与叶利钦建立起了“家人”的关系。叶利钦曾在自己的回忆录《午夜日记》中说过，自己身边的波雷耶娃、丘拜斯、亚历山大·沃洛什、瓦连京·尤马舍夫等人是他的家人。同年7月，普京又被叶利钦任命为联邦安全总局局长。俄罗斯联邦安全局主要是由联邦安全局和对外情报局组成，从某种层面而言，这两个机构就是克格勃的一个缩影，不过这两个机构已经脱胎换骨，成为了俄罗斯十分重要的强力机构。当时的普京军衔不过是预备役中校，叶利钦想把他提拔为将军，可是普京并没有接受叶利钦的这一想法。因为，普京心里明白，从一名中校直接提升为将军，是很不合适的，即便是少将也是不可能的。普京以预备役中校的身份管理联邦安全局让很多人不服气，但普京根本就不在乎这些。上任当天，普京就站在俄罗斯联邦安全总局的大楼，当然也是过去克格勃的总部大楼，说了一句话：“我回家了！”