李的英勇行为和忠诚受到南方头头们的青睐，他被任命为弗吉尼亚司令官和戴维斯总统的军事顾问，之后又担任了南部同盟军的总司令。但是战争刚开始的几个月之中，他并无惊人表现，主要是由于他把全部精力都用在建造防御工事上了，渐渐地部下开始讽刺他，给他起了一些乱七八糟的外号，诸如“婆婆妈妈的李”“后撤的李”“铁锹王”什么的。不过戴维斯总统对他却极其信任，可谓慧眼识才！
战争的不断发展更加证明了李的战争才能。1862年，号称“美国拿破仑”但实际能力有限的北军总司令麦克莱伦将军指挥11万大军发动“半岛战役”，企图攻占南方“首都”里士满，以取得战争的优先权。李指挥不到9万人的军队以灵活战术和顽强的斗志攻击北军薄弱环节，把麦克莱伦赶出了里士满附近的半岛，解除了里士满之危，此役史称“七日之战”，由此李威震全美。林肯总统非常失望，另外启用大胡子猛将波普担任指挥，希望他能带来一些转机。波普将军信心百倍，率领8万北军与李指挥的5万多的南军展开第二次布尔溪之战。李拥有着敏锐和机智的头脑，他用小部队将北军主力引诱到阵地，然后以精锐部队从侧翼和后方突然杀出，短短的时间内便大破北军。波普的8万大军被灭掉1.4万，李的5万多军队仅损失了9000人！