当时中国的海军共分为三个舰队，而驻守在上海的第一舰队可以说是海军的主力，上海海军的独立不仅仅威胁到了沿海各省的北洋系势力，如果海军运送护国军北上，那可能对北京政府带来灭顶之灾。慌了神的段祺瑞哪里还敢再抱着新《约法》不放？急忙请出林长民、张国淦第一时间安抚海军，同时于6月29日由黎元洪正式申令，表明政府将会遵循民国元年公布的旧《约法》，同时废国务卿名义，恢复国务院总理，并裁撤掉参议院和平政院所属的肃政厅。至此，争议不断的法统问题才算是暂时平息。
就是在上海海军宣布独立的6月25日，四川也发生了一件大事，原四川督军陈宦被重庆镇守使周骏击败，逃亡成都成了逃亡将军。在陈宦宣布独立的时候，袁世凯就急忙提升川军第一师长兼重庆镇守使周骏督理四川军务，周骏随即率军进驻成都，驱逐陈宦。在袁世凯死后，段祺瑞授意当时还依附于他的北洋军驻川统帅曹锟暗中支持周骏。周骏在曹锟的支持下接连攻克永川、隆昌、内江，并派旅长王陵基率兵进抵资中，从而切断成都与叙府之间的联系，同时高呼“川人不打川人”的口号，以博取护国军方面川籍将领刘存厚、熊克武等的同情。周骏兵临成都城下，陈宦急忙向蔡锷告急，但此时蔡锷的喉结核症非常严重，只好电请唐继尧补充兵员和武器，又抽调刘云峰的一个梯团由叙州开赴自流井，然后向内江和资中出击。但一切为时已晚，6月25日，周骏兵临城下，陈宦只能让出成都。